Los trabajos arqueológicos en el Cerro de las Cabezas comenzaron en 1984 y han venido desarrollándose hasta la actualidad, de forma más o menos continuada. Hoy día continúan excavándose zonas puntuales en función de algunas necesidades concretas de la investigación, pero las principales actuaciones están relacionadas con la consolidación, restauración y musealización de las dos grandes zonas excavadas: la Muralla Sur y el Área Urbana Norte.
Las primeras restauraciones se realizaron en la década de los años 90, aunque de manera puntual. A partir de 2003, se realizaron labores de restauración en diversas áreas de las dos zonas anteriormente mencionadas. Actualmente, dentro de un ambicioso proyecto que comenzó en 2016 y que ha venido desarrollando hasta 2018, prácticamente ha concluido la restauración y han sido incluidas en el itinerario visitable toda la Muralla Sur y gran parte del Área Urbana Norte.
La identificación de las principales fuentes de alteración que afectaban al yacimiento, ya fueran intrínsecas (originadas por la propia materialidad) y/o extrínsecas (clima, erosión, etc.), permitió diseñar un proceso de restauración basado en la experiencia empírica y centrado en la consolidación de los morteros originales, la reposición de material constructivo, la aplicación de llagueados de refuerzo, la reconstrucción de estructuras o el encapsulado y protección de fábricas de tierra.